This site uses cookies. Some of these cookies are essential to the operation of the site, while others help to improve your experience by providing insights into how the site is being used. For more information, please see the ProZ.com privacy policy.
Cookie settings
  1. KudoZ™ Top
  2. английский => русский
  3. Генетика

hard clipped base

русский translation: жестко отсекаемое основание

11:49 Jul 22, 2019
Перевод в паре английский => русский [PRO]
Science - Генетика / секвенирование
английский термин или фраза: hard clipped base
In literature when the inserted sequence is at the edges of the sequence it is also referred to as “soft clipped” (i.e. the nucleotides are not matching the reference but are kept in the aligned reads contrarily to “hard clipped” nucleotides which are discarded).

Существуют ли общепринятый термин на русском языке?
harser
Local time: 16:11
русский переводжестко отсекаемое основание
Пояснение:
Соответственно, soft clipped - мягко отсекаемое основание (soft clipping = мягкое отсечение). Имеется в виду то, как учитываются те или иные основания, находящиеся на концах секвенированных последовательностей: жестко отсекаемые нуклеотиды отбрасываются, мягко отсекаемые остаются, что допускает определенное перекрывание концов последоватеьностей.

Вот здесь - https://tinyurl.com/y6kaslhj - есть комментарии к софту для секвенирования, где в комментариях вы сможете найти много полезного.

--------------------------------------------------
Note added at 1 day 21 hrs (2019-07-24 08:51:19 GMT)
--------------------------------------------------

По-русски это так и называется: мягкое/жесткое отсечение, мягко/жестко отсекаемые нуклеотиды. Иногда можно встретить "обрезаемые", но это звучит не очень.
Выбранный ответ от:

Natalie
Польша
Local time: 15:11
Grading comment
За этот ответ присуждено 4 очка KudoZ



Все предложенные варианты перевода
5жестко отсекаемое основание
Natalie
3 +1Отдельные нуклеотиды не присутствуют в риде
Vadim Bogdanov


  

Ответы


50 мин   степень уверенности: Answerer confidence 3/5Answerer confidence 3/5 совокупность мнений: +1
Отдельные нуклеотиды не присутствуют в риде


Пояснение:
soft clipped - Лишние нуклеотиды присутствуют в риде
См. Таблица 1.3, "СПОСОБЫ УСКОРЕНИЯ АЛГОРИТМА ВЫРАВНИВАНИЯ В АНАЛИЗЕ
БИОЛОГИЧЕСКОГО ГЕНОМА" (1-я ссылка).
И аналогичную таблицу для поля CIGAR по 2-й ссылке.
А также ссылку https://davetang.org/wiki/tiki-index.php?page=SAM.

--------------------------------------------------
Note added at 8 час (2019-07-22 19:49:51 GMT)
--------------------------------------------------

... в отличие от отдельных нуклеотидов, которые не присутствуют в риде... Как-то так.


    Ссылка: http://elib.spbstu.ru/dl/2/v18-5992.pdf/download/v18-5992.pd...
    Ссылка: http://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf
Vadim Bogdanov
Россия
Local time: 16:11
Родные языки: русский
Сообщение автору ответа
Автор вопроса: Спасибо!

Автор вопроса: То есть, если исходить из приведенного мной фрагмента, эту вставляемую последовательность иначе называют «Отдельные нуклеотиды не присутствуют в риде»? Как-то не вяжется.


Комментарий к этому вопросу (и отклик автора ответа)
Мнение «за»  Michael Volia
48 мин
  -> Michael, спасибо!
Login to enter a peer comment (or grade)

1 дн 20 час   степень уверенности: Answerer confidence 5/5
жестко отсекаемое основание


Пояснение:
Соответственно, soft clipped - мягко отсекаемое основание (soft clipping = мягкое отсечение). Имеется в виду то, как учитываются те или иные основания, находящиеся на концах секвенированных последовательностей: жестко отсекаемые нуклеотиды отбрасываются, мягко отсекаемые остаются, что допускает определенное перекрывание концов последоватеьностей.

Вот здесь - https://tinyurl.com/y6kaslhj - есть комментарии к софту для секвенирования, где в комментариях вы сможете найти много полезного.

--------------------------------------------------
Note added at 1 day 21 hrs (2019-07-24 08:51:19 GMT)
--------------------------------------------------

По-русски это так и называется: мягкое/жесткое отсечение, мягко/жестко отсекаемые нуклеотиды. Иногда можно встретить "обрезаемые", но это звучит не очень.

Natalie
Польша
Local time: 15:11
Родные языки: русский
Очков ПРО в категории: 176
Сообщение автору ответа
Автор вопроса: Спасибо! Смысл мне был понятен, я хотел узнать общепринятый термин, если таковой существует.

Login to enter a peer comment (or grade)



Login or register (free and only takes a few minutes) to participate in this question.

You will also have access to many other tools and opportunities designed for those who have language-related jobs (or are passionate about them). Participation is free and the site has a strict confidentiality policy.

Return to KudoZ list

KudoZ™ translation help

Сеть KudoZ - система, позволяющая переводчикам и другим участникам сайта оказывать друг другу помощь в переводе и интерпретации отдельных терминов, словосочетаний и коротких фраз.

See also:
ProZ.com term search
Search millions of term translations
Close search
Term search
  • All of ProZ.com
  • Поиск термина
  • Заказы
  • Форумы
  • Multiple search