Автор вопроса интересуется:
"Зачем давать команду на main spindle stop, sub spindle rotation, sub spindle stop, если это и так произошло (contents)?"

Во-первых, составители документа пишут, что "Main spindle stop, sub spindle rotation, sub spindle reverse rotation, sub spindle stop command carried out during synchronous mode" является по сути аварийной ситуацией, судя по всему противоречащей условиям режима синхронного вращения шпинделей (главного и контршпинделя). Мы видим, что в этой строке присутствует вращение контршпинделя в обратном направлении, что скорее всего и является недопустимым для этого режима.

Вариант 1.
Например, технолог некорректно составил управляющую программу (УП — NC program) и дал команду на вращение контршпинделя в прямом направлении, а потом и в обратном. Перед выполнением этой УП любое уважающее себя УЧПУ сначала проводит проверку синтаксиса УП (нет ли там недопустимых символов, недопустимой последовательности действий и т.п.). УЧПУ обнаруживает эту нестыковку и отказывается выполнять УП, выдавая сообщение об ошибке (условий режима синхронного вращения шпинделей) и выводя электроприводы шпинделей из режима слежения.

Теперь для «приведения шпинделей в чувство» (вывода из состояния ошибки) требуется:
- принудительно выйти из режима синхронизации,
- дать команду на останов главного шпинделя (хотя он и так не вращается – команда на останов, например вводит привод шпинделя в слежение и/или ориентирует шпиндель),
- дать команду на вращение контршпинделя в прямом направлении (для того чтобы сконфигурировать состояние привода этого шпинделя, в том числе «выбрать люфт», который был перейден шпинделем при попытке вращения в обратном направлении),
- дать команду на останов контршпинделя (заканчиваем подготовку обоих шпинделей для последующих действий).

Вариант 2.
Например, технолог некорректно составил управляющую программу (УП — NC program) и дал команду на вращение контршпинделя в прямом направлении, а потом и в обратном. Кадр с этой командой находится далеко-далеко в программе, поэтому УЧПУ прилежно выполняло УП, пока не наткнулось на этот кадр с некорректными данными. УЧПУ обнаружила эту нестыковку уже в процессе выполнения УП, остановило выполнение УП, выдало сообщение об ошибке (условий режима синхронного вращения шпинделей) и теперь нужно вернуть шпиндели в нормальное состояние по вышеуказанному алгоритму.

Таким образом, эти 3 действия могут быть необходимы исключительно для приведения шпинделей в нормальную конфигурацию после нештатной ситуации или прерывания программы из-за некорректных данных, относящихся к действиям в режиме синхронного вращения шпинделей.

--------------------------------------------------
Note added at 1 час (2014-06-14 12:53:34 GMT)
--------------------------------------------------

А еще зачастую в режим синхронизации шпинделей можно входить только из условия, что оба синхронизируемых шпинделя находятся в состоянии останова.

"• Non oriented, synchronized spindle rotation.
This feature allows synchronizing the spindle rotation with both spindles engaged on the work piece at the same time. Synchronization can be done from spindle stopped condition. Both spindles operate in unison, at precisely synchronized rotation. This type of synchronization is applied typically for turning of long shafts that are clamped by the chucks at each end. Alternatively, it can be used for cutting off a part from the bar stock then transferring it to the sub spindle. Timing or orientation between the two spindles in this case is at random"
Источник:
http://www.cnczone.com/forums/attachments/1/4/9/178303.attac...

Таким образом, могут иметь в виду, что если команды на управление шпинделями были поданы некорректно, необходимо все бросить и пройти маленький алгоритм выхода на корректные начальные условия для входа в этот режим синхронизации, что влечет «холостой» запуск-останов того или иного шпинделя.